PROJELER

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Peptit nükleik asitler (kısaca PNA), yapısal açıdan DNA’yı taklit eden moleküllerdir. Bu yapıların temel kullanım alanı herhangi bir DNA dizisini seçici bir şekilde tanıyıp, bağlanabilmeleridir. Ancak bu bağlanma şeklinde ilginç olan, üzerinde dört değişik baz taşıyan dizilerin (yani karışık dizilerin) bağlanması için zincir üzerinde asimetrik bir merkez zorunlu iken timin taşıyan dizilerin bağlanması için bu asimetrik merkezlerin zorunlu olmamasıdır. Bu çerçevede projenin amacı, timin bulunduran zincirler ile karışık dizili PNA zincirlerinin sentezlenmesi ve bu zincirlerin DNA’ya bağlanma termodiklerinin izotermal kalorimetri yöntemi ile incelenmesidir. Böylelikle zincir üzerindeki asimetrik merkezlerin PNA-DNA bağlanma termokimyası üzerine olan etkileri belirlenmiş olacaktır.

Konu

Proje kapsamında, uzunluk, dizilim, türevlendirme gibi özellikleri açısından farklı olan PNA’lar sentezlenecektir. Bu PNA’ların sarmal karakterleri SD spektroskopisi ve DNA üzerinde yarattkları yapısal değişiklikler viskosimeter ile incelenecektir. PNA’ların DNA ile üçlü-akın ve üçlü-yapı oluşturma termodinamikleri jel-elektroforesis ve ITC (isothermal calorimetry) yöntemleri ile belirlenecektir. Bu çalışmalar ile PNA uzunluğu, dizilimi ve bir baz sızma ajanı olan akridinin varlığının (i) PNA’nın ikincil yapısına, (ii) PNA bağlanması sonucu DNA çift sarmalının bozulmasına, (iii) üçlü yapı ve üçlü akın yapısının şekil ve oluşum termodinamiğine etkileri aydınlatılacaktır. Böylelikle, PNA’ların DNA’ya akın etmeleri ve DNA ile daha kararlı üçlü-yapı oluşturmak için gerekli yapısal özellikleri ortaya konacaktır.