PROJELER

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Ökaryotik hücrelerin sağlıklı şekilde çalışabilmesi için hücre içi ulaşım ve organizasyon son derece önemlidir Hücre içi ulaşım ve organizasyon hücrenin aktin filamentleri ve mikrotübülleri üzerinde yürüyen motor proteinleri tarafından gerçekleştirilmektedir Motor proteinleri ardışık yüzlerce adım atarak mikrometre saniye mertebesinde hızlara ulaşırlar ve sitoplazma boyunca vezikülleri ve organelleri etkili bir şekilde taşırlar Mikrotübüller üzerindeki bu taşınım iki yönde olabilmektedir Mikrotübülün veya ucuna dogru yöndeki taşınım çok çeşitli kargolar taşıyabilen sitoplazmik dinein ler tarafından gerçekleştirilmektedirler Sitoplazmik dinein inlerin fonsiyonunda görülen bozuklukların aksaklıkların amiyotrofik lateral skloriz Charcot Marie Tooth Alzheimer Parkinson ve Huntington gibi birçok nörodejeneratif hastalıklar lizensefali ve primer siliyer diskinezi ile ilişkili olduğu ortaya konulmuştur Bu belirtilen hastalıklar ile gösterdiği yakın ilişki sebebi ile özelikle tedavi açısından bakıldığında sitoplazmik dinein motor proteinin nasıl calıştığının anlaşılması ve çalışırken ne tür fonksiyonel aksaklıkların oluşup hastalığa sebep olduğunun öğrenilmesi gerekli olmuştur Sitoplazmik dinein homodimerik bir AAA motorudur ve birbirine yapısal olarak bağlı özdeş iki mikromoleküler makinadan oluşmaktadır Bu makinaların her birinde kimyasal enerjiyi adenosine trifosfat ATP hidrolizinden çıkan serbest enerjiyi işe dönüştüren hekzamerik halka şeklinde bir katalitik bölge baş mevcuttur Halkadan iki hareket kolu çıkmaktadır Hareket kollarından birinin dinein hareketinin mekanik elemanı olduğu düşünülmektedir başka bir deyişle ATP hidrolizinden elde edilen enerji ile bu kol hareket ettirilmekte ve bunun sonucunda dinein in mikrotübül üzerindeki hareketi için gereken iş üretilmektedir Ancak bu mekanizmanın detayları bölgeler arası enerji transferi enerji dönüşümü hareket süresince kırılan ve oluşturulan bağlar regülasyon mekanizması gibi özelikler bilinmemektedir Söz konusu mekanik kol ayrıca dimerizasyonu ve taşınacak kargoya bağlanmayı da sağlamaktadır Araştırmamızda bu mekanik kol bilgisayar ortamında detaylı şekilde modellenip yaptığı fonksiyonel hareketler moleküler dinamik simulasyonları ile simüle edilecektir Bu hareketlerin enerji analizleri istatistiksel termodinamik ile yapılacaktır Katalitik bölgeden çıkan diğer hareket kolu ise sap olarak isimlendirilmiş olup dinein in üzerinde hareket ettiği mikrotübüle bağlanmaktadır Bu sapın sarmal bobin yapısı vardır ve ucunda mikrotübüle bağlanan hususi bir bölge mevcuttur Sarmal bobin yapısındaki mekanik gerilimlerin bağlanma bölgesinin yapısını ve bununla beraber bağlanma mekanizmasını nasıl etkilediği de çalışmamızın bir ilgi konusu olacaktır Bu amaç doğrultusunda hem istatistiksel termodinamik ve fiziğin olduğu teorik hesaplar hem de moleküler dinamik simülasyonları yapılacaktır

Konu

Sinir hücreleri arasındaki sinyal aktarımı iki sinir hücresi arasında bulunan sinaps bölgelerine salgılanan nörotransmitterlerle sağlanır Salgılanmış nörotransmitterler dopamin ve serotonin gibi sinir hücrelerinin zarlarında bulunan proteinler aracılığıyla Na Cl ile eşlenmiş şekilde hücre içerisine geri alınır Bu taşıyıcı proteinlerini hedef alan ilaçlar klinik depresyon ve nöropatik ağrı tedavisinde kullanılır İlaçların etkin tasarımı için farmakolojik aktivitelerini sağlayan moleküler etkileşimlerin tanımlanıp mekanizmalarının anlaşılması gerekmektedir Deneylerin bu mekanizmalarla ilgili sadece kısıtlı bilgi sağlayabilmesi moleküler simulasyonları tıbbi araştırmalarda gerekli kılmıştır Sunulan projede moleküler simülasyonları fizik ve mühendislik prensipleriyle birleştirilererek her biri biyomoleküler makine olan Na Cl ile eşleşen taşıyıcıların çalışma mekanizmalarını modellenmektedir