PROJELER

Konu

Proje kapsamında üç farklı yaklaşım kullanılarak PAD2 enziminin tepkime mekanizması ve dinamiği aydınlatılmaya çalışılmıştır. Projenin ilk bölümünde MD benzetim yaklaşımı kullanılarak proteinin hareketlerinin anlaşılması, farklı erişilebilen konformasyonları arasındaki ilişkinin aydınlatılabilmesi için (sıcaklık, basınç, pH,vb.) ve ilgili reaktivitesinin anlaşılabilmesi hedeflenmiştir. MD çalışması için aktif bölgedeki rezidüler için 5 farklı protonlanma durumu tanımlanmış ve tümü için ilk hızlar Maxwell dağılımına göre rastsal olarak tanımlanarak toplamda 10’ar adet 1ms’lik MD benzetim çalışmaları tamamlanmıştır. Bu şekilde 5 farklı sistem için toplam 50ms’lik MD çalışması gerçekleştirilmiş olup saldırı yakını konformer olarak tanımlanan (near-attack conformer-NAC) yapılar bu çalışmalardan elde edilmiştir. Projenin diğer bir ayağında ise QM çalışmaları, farklı protonlanma durumları ve tasarlanan alternatif mekanizmalarla en olası mekanizmanın belirlenmesini sağlamıştır. Son aşamada ise QM/MM MD sistemi tasarlanmış, ön çalışmalar gerçekleştirilmiş ve ilk sonuçlar elde edilmiştir.

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Hesaplamalı Kimya

Konu

bu projede MOF’lar kronik inflamatuvar deri hastalıklarının tedavisinde ilaç taşıyıcı malzeme olarak seçilmiştir. Bu hastalıkların topikal tedavisinde en sık kullanılan, ancak dozaj aşımına bağlı olarak doku kaybı gibi yan etkiler oluşturabilen güçlü ve orta etkili steroid türevlerinden klobetazol propiyonat ve metilprednizolon aseponat ilaç etken maddesi olarak kullanılacaktır. Ancak daha önceki kaynaklarda MOF’ların steroid taşıyıcı sistemi olarak kullanılmamasının rapor edilmemesi nedeniyle bilgi eksikliği mevcuttur bu proje kapsamında ilk olarak steroid-MOF etkileşimlerinin hem hesaplamalı hem de deneysel olarak incelenmesi gerçekleştirilecektir. Pektin ilaç yüklü MOF’ların içinde dağıtılacağı matris olarak seçilmiştir. Bu çalışmada pektin seçimindeki önemli etkenler, pektinin inert bir bileşen olmaması, kaynaklarda vurgulandığı gibi hastalıklı bölgenin hızlı ve etkin bir şekilde iyileşmesini sağlayacak biçimde antibakteriyel özellik göstermesi ve fazla eksudayı absorplayarak yara yüzeyinden uzaklaştırmasıdır. Bu araştırmada ilk olarak, seçilen biyo-MOF ve steroidlerin arasındaki moleküler seviyedeki etkilişimler, kuvantum mekanik ve moleküler dinamik hesaplamalarıyla incelenecektir. Kuvvetli etkileşim gösteren böylece kontrollü ilaç salımının gerçekleşebileceği MOF-steroid çiftleri belirlenecektir. Bu veriler ışığında, uygun steroidler proje kapsamında sentezlenmiş MOF’lara yüklenecektir. Steroid yüklü MOF’lardan ilacın kontrollü salımı incelenecektir. Daha sonra, steroid yüklü MOF’lar pektin matrisine homojen olarak dağıtılıp yara örtüsü formunda kontrollü ilaç salım sistemi hazırlanacaktır. Deneysel çalışmaların her adımında hazırlanan malzemeler karakterize edilecek, ilaç salım performansları belirlenecek ve sitotoksisite testleri gerçekleştirilecektir. Proje kronik inflamatuvar deri hastalıklarının tedavisinde kontrollü ilaç salımı yapan yara örtüsünün kullanılması, MOF-steroid etkilieşiminin incelenmesi ve steroid yüklü MOF’lar ile pektin temelli yara örtüsü hazırlanması bakımından özgün bir çalışmadır. Çalışmada geliştirilecek yara örtüsü sayesinde, ciltte yaranın oluşması nedeniyle hastanın toplum hayatını olumsuz etkileyebilen kronik inflamatuvar deri hastalıklarının tedavisi gerçekleştirilirken, hasta toplumdan izole olmayacak, günlük faaliyetlerine devam edebilecektir. Ayrıca, bu projenin gerçekleştirilmesiyle, ülkemizde ve Dünya’da daha çok gaz ayırma/tutma sistemlerinde kullanılması hedeflenen MOF’ların kontrollü ilaç salım sisteminde de kullanımına yönelik önemli bilgi birikimi oluşacaktır. Ülkemizin değerlendirilemeyen doğal kaynaklarından biri olan pektinin kullanılarak yüksek katma değerli ürünlerin hazırlanması projenin bir diğer öbnemli sonucu olacaktır.

Konu

Hesaplamalı Kimya

Konu

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Konu

Hesaplamalı Kimya

Konu

Hesaplamalı Kimya

Konu

Hesaplamalı Kimya

Konu

Hesaplamalı Kimya

Konu

Hesaplamalı Bilim