Türkiye` nin ekstrem bölgelerinden ve Antartika`dan elde edilen örneklerin çevresel DNA izolasyonu yapılmış ve elde edilen e-DNA’ların yeni nesil dizileme ile metagenom dizilenmesi tamamlanmıştır. Dizileme işleminden sonra metagenomik veri içerisinden P450 kodlayan gen bölgeleri belirlenmiştir. Türkiye`nin farklı ekstrem bölgelerinden toplam 317 adet, Antartika`dan ise 80 adet potansiyel P450 dizisi elde edilmiştir. Bu elde edilen dizilerin tamamı University of Queensland öğretim üyesi Prof. Dr. Elizabeth Gillam ile işbirliği içerisinde bulunan University of Tenessse öğretim üyesi Prof. Dr. David R. Nelson tarafından sınıflandırılmıştır. Toplam 397 örnekten 182 tanesinin literaturde bugune kadar tanımlanmamış yeni fonksiyonlara sahip P450 enzim sistemleri olduğu tespit edilmiştir. Tüm örneklerden yeni CYP sistemleri rekombinant olarak üretilmiş ve P450 olduklarını kanıtlayan spektrum analizleri tamamlanmıştır. Ayrıca toplamda rekombinant olarak üretilmiş 23 adet P450 enziminin 5 tanesinin termostabilite analizleri tamamlanmıştır

Yeni ürün geliştirlmesine yönelik

Arçelik hijyen teknolojileri hakkında

Halofilik ve Asidofilik Koşullardan Novel Lipaz Enzimlerinin Eldesi

Yüksek sıcaklığa dayanıklı candida methylica FDH enziminin spesifik aktivitesinin arttırılması

Arçelik Hijyen teknolojileri hakkında

Tübitak COST

Tübitak 1001

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

1140172

Mikroorganizma -mineral ilişkisinin araştırılması

Önemli bir küresel sektör olan biyoyakıt üretiminde selüloz ve hemiselüloz gibi bitki polisakkaridlerinin fermente edilebilir monosakkaritlere enzimatik hidrolizi son yılların en önemli araştırma konularından biridir. Mikroorganizmalar bu enzimlerin başlıca kaynağı olmakla birlikte biyosferdeki mikrobiyal çeşitliliğin yalnızca %1’den küçük bir kısmından endüstriyel olarak yararlanılabilmektedir. Bunun nedeni biyosferdeki mikroorganizmaların büyük çoğunluğunun klasik kültivasyon yöntemleri ile kültüre alınamamasıdır. Bu nedenle projemizde “metagenomik yaklaşımı” ile kültürel bariyerlerin aşılması sağlanarak kültüre alınamamış mikroorganzimaların da gen/enzim kaynağı olarak araştırılması sağlanmıştır. Bitki artıklarının çürümesiyle oluşan kompost topraktan fosmid metagenomik kütüphane kurulmuş ve bu kütüphane selülaz, ksilanaz, peroksidaz ve lakkaz enzim aktiviteleri için fonksiyonel bazlı yöntemle taranmıştır. 6000 kolonin taraması gerçekleştirilmiş ve 2 selülaz pozitif klon tanımlanmıştır. Öte yandan metagenom örneğinin mikrobiyal içeriği 16S rDNA ve yeni nesil dizileme teknolojisi ile gerçekleştirilmiştir. Böylece bir yandan kütüphanedeki gen kaynakları tanımlanırken diğer yandan yeni nesil dizileme (YND) yaklaşımı ile metagenomdaki tüm genomlara ait dizi verisi elde edilmiştir. Bu nükleik asit verisi fonksiyonel bazlı enzim taramasına alternatif dizi bazlı enzim taraması için imkan sağlamıştır. 16S rDNA taramalarına göre tespit edilen Actinobacteria ve Bacteroidetes grubu mikroorganizmalar ve YND ile herhangi bir marker gene bağlı kalmaksızın tanımlanan Sorangium cellulosum ve Bradyrhizobium cinsinden bakteriler metagenomik kütüphanemizin bitkisel biyokütledeki selülozu parçalayacak endoglukanazlar, eksoglukanazlar ve ßglukosidazlar gibi selülaz enzimlerine, hemiselülozu parçalayacak ksilanaz enzimlerine ve lignini parçalayacak peroksidaz ve lakkaz enzimlere sahip olduğunu göstermektedir.

Proje ile ilgili açıklama girilmemiştir.

Enzim Kaplamasına Dayalı Yöntemler Kullanılarak Biyofilm oluşumunun Engellenmesi

Application of Rational Design Strategies to Canadida Methlica Formate Dehydrogenase ans Bacillus Stearothermophilus Lactate Dehydrogenase

BÖLGE SATURASYON MUTAGENEZ TEKNİĞİ KULLANILARAK ENDÜSTRİYEL ÖNEME SAHİP FORMAT DEHİDROGENAZ ENZİMİNİN TERMOSTABİLİTESİNİN ARTTIRILMASI

Bölge Saturasyon Mutagenez Yöntemi Kullanılarak candida methylica format dehidrogenaz enziminin koenzim spesifisitesinin değiştirilmes

İ T Ü Maslak Göletinin Mikrobiyolojik Topluluğu ve Biyokimyasal Özelliklerinin Araştırılması

İlaç Endüstrisine Yönelik Enzim Bazlı Hammadde Üretimi

Çamaşır Makinelerinde düşük sıcaklıkta makine hijyeni sağlama

Biyobenzetim yolu ile nanoteknolojik fonksiyonel malzeme üretimi

Novel sustainable bioprocesses for the European colour industries

Endüstriyel biyokatalitik proseslerde asimetrik sentezlerde NAD P H nin sürekli yenilenmesini sağlamak için ısıya dayanıklı NAD P bağımlı format dehidrogenazın Chaetomium thermophilum dan izole edilmesi ve karakterizasyonu

Bulaşık Makinalarında Evsel Koşulda Oluşan Mikrobiyal Floranın Belirlenmesi

Bacillus stearothermophilus tan izole edilen L laktat dehidrogenazın substrat inhibisyonunun bölgeye spesifik özel mutasyon tekniği ile engellenmesi

Bakteriyel Biofilm İnhibisyonunu Engellemeye Yönelik Enzim ve veya Furanon Türevlerini Kullanarak Kaplama Yöntemlerinin Geliştirilmesi

Asit Maden sahalarının oluşumunu kontrol eden biyojeokimyasal faktörlerin araştırılması

Biyomedikal uygulamalar için titanyum ve alaşımlarının yüzeyinde biyoaktif antibakteriyel ve mikroporöz oksit tabakasının oluşturulması

Bakteriyel Biofilm İnhibisyonunu Engellemeye Yönelik Enzim ve veya Furanon Türevlerini Kullanarak Kaplama Yöntemlerinin Geliştirilmesi

Bacillus stearothermophilus tan izole edilen laktat dehidrogenaz enziminin substrat spesifikliğinin DNA shuffling yöntemi kullanılarak genişletilmesi

Development and Characterization of New Biocatalists by rational and random mutagenesis of laccases from different sources

Mühendislikte İleri Teknolojiler Moleküler Biyoloji Genetik ve Biyoteknoloji Yüksek Lisans ve Doktora Programı